不知道你搞明白了没有，但是你的问题对我启发很大，这是实验的结果以及不知道对不对的解读：

1.以Array为构造器创建的对象，构造器是Array，原型引用指向Array的原型。

var arr=[1,2,3]
alert(arr.__proto__===Array.prototype);//true
alert(arr.constructor===Array);//true

var arr2=new Array();
alert(arr2.__proto__===Array.prototype);//true
alert(arr2.constructor===Array);//true

2.以Array为原型创建的对象，原型引用指向Array

var a=Object.create(Array);
alert(a.__proto__===Array);//true

3.Array是function Array(),Object是function Object() 。它们有共同的构造器function Function()。function Function()是创建函数的函数，是所有函数的构造器。

alert(Array);//function Array (){[native code]}
alert(Object);//function Object (){[native code]}
alert(Object.constructor);//function Function (){[native code]}
alert(Array.constructor===Object.constructor);//true

4.Obejct函数的原型，就是以Object函数为构造器创建的抽象对象： object: Object

alert(Object.prototype);//object:Object
alert(typeof Object.prototype);//object
alert(Object.prototype.constructor);//undefined

5.同样的，Array函数的原型，就是以Array函数为构造器创建的抽象对象： object: Array。但是这个对象的toString()方法的返回值是空字符串‘’。同时，这个抽象的Array对象不等于[]，也不等于null。

alert(Array.prototype);//
var s=Array.prototype.toString();
alert(s==='');//true
alert(typeof Array.prototype);//object
alert(Array.prototype.constructor); //function Array (){[native code]}
alert(Array.prototype===null);//false
alert(Array.prototype===[]);//false

6.最后，Array函数的原型的原型引用指向Object函数的原型。也就是说抽象对象Array的proto属性指向抽象对象Object。同时，包括函数（的原型对象）在内的其他对象与Array情况相同。

alert(Array.prototype.__proto__===Object.prototype);//true
alert(Function);//function Function(){[native code]}
alert(Function.prototype.__proto__===Object.prototype);//true
alert(String.prototype.__proto__===Object.prototype);//true
alert(Number.prototype.__proto__===Object.prototype);//true
alert(Boolean.prototype.__proto__===Object.prototype);//true

7.还有，一切函数的原型都是对象，一切对象都以函数为构造器。普通对象或者普通函数的原型，其原型引用同样指向Object函数的原型（抽象对象Object）。普通对象或者普通函数的原型，其toString()方法的返回值与抽象对象Object相同，同是‘object Object’，但并非相同的对象。

function b(){return 1;};
alert(b.constructor);//function Function(){[native code]}
alert(b.prototype);//object Object
alert(Object.prototype);//object Object
alert(b.prototype.toString()===Object.prototype.toString());//true
alert(b.prototype===Object.prototype);//false
alert(b.prototype.__proto__===Object.prototype);//true

var c=new Function();
alert(c);//function anonymous(){}
alert(c.constructor);//function Function(){[native code]}
alert(c.prototype.__proto__===Object.prototype);//true

var d={};
alert(d.constructor);//function Object(){[native code]}
alert(d);//object Object
alert(d.__proto__===Object.prototype);